A köztársasági elnök
A Sándor-palota a budai várban. 2003 óta itt működik a köztársasági elnök hivatala (Domaniczky Endre felvétele)
Elnökként Mádl legfontosabb céljának: a.) az ország és általában a közép-európai térség európai uniós csatlakozását; b.) a kisebbségi jogvédelem uniós rendszere kidolgozásának elősegítését; valamint c.) az EU szerkezeti reformjának kidolgozása során a magyar, illetve a közép-európai álláspont megjelenítését tartotta. Mindezt azért fontos hangsúlyozni, mert bár az ország csak 2004-ben lett az Unió tagja, Mádl Ferenc, a tekintélyes jogtudós véleményét az ország csatlakozásától függetlenül kikérték, illetve meghallgatták a különböző nemzetközi fórumokon. Mádl egyik legnagyobb sikere az volt, hogy az alapvetően súlytalan és ceremoniális elnöki intézményre támaszkodva – és hazai feladatait hibátlanul ellátva – képes volt a nemzetközi porondon is megjelenni, illetve a Magyarország álláspontját megjeleníteni.
Másik jelentős eredményeként az uniós csatlakozás elősegítésében játszott aktív szerepe emelhető ki. Mádl, aki már diákkora óta figyelemmel kísérte a nyugat-európai integráció – az “európai békeprojekt” – fejleményeit, évtizedeken át kutatta és oktatta az uniós jogot. Már miniszterként is részt vett a csatlakozási tárgyalások előkészítésében, és köztársasági elnökként is több alkalommal hitet tett Európa nyugati és keleti felének az európai integráció révén történő egységesítése mellett.
Mádl professzor 2000-ben a kormányzó koalíciós pártok (FIDESZ, MDF és KDNP) jelöltjeként lett köztársasági elnök, ám jelölését többen támogatták az akkori ellenzéki oldalon is.
Mádl Ferenc beiktatási ünnepsége a Kossuth téren. Mádl Ferenc köztársasági elnök és Göncz Árpád leköszönő köztársasági elnök az ünnepségen (Bruzák Noémi / MTI felvétele)
Mádl Ferenc és Mádl Dalma az elnöki beiktatási ünnepségen a Kossuth téren (Bruzák Noémi / MTI felvétele)
Programjában hangsúlyosan szerepelt a határon túli magyarság érdekének képviselete, megjelenítése, és e körben említendőek a kisebbségek jogvédelme érdekében tett javaslatai.
Mádl, aki maga is kisebbségi sorból érkezett, fiatal kora óta fokozott érzékenységgel fordult az őshonos kisebbségek helyzetének rendezése felé – akár a közép-európai, akár a nyugat-európai, akár az észak-amerikai őshonos kisebbségekről volt szó. Elnökként tett kezdeményezéseire és javaslataira épült többek között az egyszerűsített honosításról szóló törvény.
Sólyom László köztársasági elnök és Mádl Ferenc leköszönő köztársasági elnök a Sándor-palota előtt (Kovács Tamás / MTI felvétele)
Elnöki ciklusának leteltét követően 2005-ben visszatért az egyetemre, és haláláig részt vett a szűkebb szakterületéhez tartozó oktatási és kutatási munkákban.
Mádl Ferenc 2011. május 29-én halt meg. Sírja a Fiumei Úti Sírkertben, Antall József sírjának közelében található.